ตำนานกล่าวไว้ว่า จังหวัดเชียงรายแต่อดีตกาล ประมาณพุทธศตวรรษที่ 11 เป็นถิ่นที่อยู่ของพวกละว้า ต่อมา พวกขอมมีอำนาจ ปกครองแว่นแคว้นนี้ จึงสร้างเมืองสุวรรณโคมคำขึ้น ที่ริมฝั่งโขง และสร้างเมืองเสลาต้นแม่น้ำกก เมืองฝางในปัจจุบัน ต่อมาเกิดน้ำท่วมใหญ่ ได้พัดเอาเมืองสุวรรณโคมคำล่มสลายหายไปกับกระแสน้ำ ผู้คนพลเมืองที่หลงเหลือ ก็หนีไปอยู่เมืองเสลา

ผ่านมาจนถึงพุทธศตวรรษที่ 13 พระเจ้าสิงหนวัติ ผู้เป็นพระราชโอรสองค์เล็ก ของพระเจ้าขุนบรมหรือพระเจ้าโกะล่อฝุง หรือพี่ล่อโก๊ะ ได้อพยพผู้คนแสนครอบครัว ลงมาจากเมือนยูนนาน มาสร้างเมืองที่ริมฝั่งแม่น้ำโขง หรือที่เชียงแสนในปัจจุบันนี้ ชื่อเมืองนาคพันธ์สิงหนวัติ หรือนาคบุรี มักเรียกกันว่าโยนกนครหลวง

เรื่องการอพยพผู้คน จากแผ่นดินจีนนี้ เคยมีผู้รู้ท่านหนึ่งเขียนไว้ว่า เมื่อขงเบ้ง รุกรานจนคนไทยพ่ายแพ้ จึงพากันอพยพหนีลงมาในบริเวณแหลมทองนี้ กษัตริย์ไทย ที่ปรากฏในเรื่องสามก๊ก คือเบ้งเฮ็ก ที่รบแพ้แต่ไม่ยอมแพ้ ขอแก้มือทุกคราไป จนขงเบ้งซ้อนกล ซ่อนประทัดและดินปืน ไว้ตามริมทาง ล่อให้ทัพไทยผ่านแล้วจุดชนวน กองทัพไทยตกใจเหยียบกันตายบ้าง วิ่งตกเหวตายบ้าง ถูกพวกทหารจีนไล่ฆ่าฟันตายบ้าง จนซากศพและเลือด แดงฉานเต็มแม่น้ำ เบ้งเฮ็กจึงยกธงขาวยอมแพ้ และแต่นั้นมา ก็อพยพผู้คน หนีจากประเทศจีน ถ้าเป็นดังนี้ ก็ตกต้นพุทธศตวรรษ ประมาณ พ.ศ. 300 กว่า

เมื่อสิ้นรัชกาลของพระเจ้าสิงหนวัติ ก็มีกษัตริย์ครองสืบต่อกันมา จนถึงรัชกาลที่ 3 พระเจ้าอชุตราชเสวยราชย์ ปี พ.ศ. 1452 พระมหากัสสปเถระเจ้า พระเถระจากลังกา ได้นำเอาพระบรมอัฐิธาตุ พระรากขวัญเบื้องขวามาถวาย พระเจ้าอชุตราช จึงสร้างพระเจดีย์บรรจุพระบรมสารีริกธาตุนั้น บนยอดดอยตุง นับเป็นปฐมเจดีย์แห่งแรกในภาคเหนือ ชื่อพระธาตุดอยตุง

เมื่อสิ้นรัชกาลของพระเจ้าอชุตราช พระโอรสพระนามเจ้าเม็งรายราชกุมาร ได้ขึ้นเสวยราชย์ (คนละองค์กับพระเจ้าเม็งรายมหาราช) ทรงมีราชโอรส 2 พระองค์ องค์พี่นามพระองค์เชือง ได้ครองราชสมบัติแทนราชบิดา องค์น้องนามพระองค์ชัยนารายน์ ได้ไปสร้างเมืองอันเป็นเกาะในแม่น้ำ ของปากแม่น้ำกก ตั้งอยู่ทางทิศตะวันออกเฉียงใต้ ของเมืองนาคพันธุ์สิงหนวัติ ตั้งชื่อว่าเมืองชัยนารายน์ (ในท้องที่ อ.เวียงชัย ปัจจุบัน) ส่วนเมืองสิงหนวัติ ก็มีผู้ครองสืบ ๆ กันมา จนถึงสมัยพระเจ้าพังคราช เป็นรัชกาลที่ 43 พวกขอมเมืองเสลา กลับมีกำลังแก่กล้าขึ้น จึงยกมาตีเมืองสิงหนวัติหรือโยนกนาคพันธุ์ๆ จึงตกเป็นเมืองขึ้นของเมืองเสลานคร พวกขอม ให้พระเจ้าพังคราช ไปเป็นนายบ้านอยู่เวียงสี่ตวง และต้องส่งส่วย เป็นทองคำขนาด 4 ผลมะตูม แก่ขอมทุกปี (เมืองสี่ตวงนี้ อยู่ที่ริมฝั่งแม่น้ำแม่สาย อยู่บริเวณตำบลป่าแดง มีอีกชื่อว่าเวียงแก้ว) ตกเป็นเมืองขึ้นขอมได้ 19 ปี พระโอรสองค์เล็ก ของพระเจ้าพังคราช พระนามว่า เจ้าชายพรหมกุมาร เป็นผู้มีฝีมือเข้มแข็ง มีบุญญาภินิหารมากมาย ได้กอบกู้เอกราชคืนจากขอม และขับไล่กองทัพขอม หนีลงทางใต้ เจ้าพรหมกุมาร ขับไล่จนถึงละวะรัฐ(ลพบุรี) จึงยกทัพกลับ แล้วเปลี่ยนชื่อเมืองเสียใหม่ว่า เมืองโยนกชัยบุรี และได้ไปสร้างเมืองใหม่ขึ้นอีกเมืองหนึ่ง ชื่อเมืองชัยปราการ อยู่ในท้องที่อำเภอฝาง (หรือชัยปราการ ในปัจจุบัน) ในจังหวัดเชียงใหม่ ทรงประทับอยู่เมืองชัยปราการ คอยป้องกันการรุกรานของกองทัพขอม ส่วนเมืองโยนกชัยบุรี ให้พระเจ้าพังคราชปกครอง จนถึงปี 1483 พระมหาพุทธโฆษาจารย์ พระเถระชาวโกศลประเทศรามัญ นำเอาพระไตรปิฎก และพระบรมสารีริกธาตุขนาดใหญ่ ขนาดกลาง ขนาดเล็ก รวม 16 องค์ มาถวายพระเจ้าพังคราช ณ นครโยนกชัยบุรี พระเจ้าพังคราช จึงแบ่งพระธาตุ ให้พระยาเรือนแก้วผู้เป็นญาติ อยู่เมืองชัยนารายน์ ให้เอาไปประดิษฐาน ณ ดอยจอมทอง เรียกพระธาตุจอมทอง (ดอยที่พระเจ้าเม็งราย ไปตั้งหลักเมืองเชียงราย) ส่วนที่เหลือ 13 องค์ พระเจ้าพังคราช พร้อมด้วยเจ้าทุกขิตกุมาร มหาอุปราช ผู้เป็นโอรสองค์โต และพระเจ้าพรหมกุมาร ผู้ครองเมืองชัยปราการ ได้อัญเชิญไปประดิษฐาน บนดอยน้อยลูกหนึ่ง โดยสร้างเจดีย์กว้าง 3 วา สูง 6 วา 2 ศอก ให้นามว่า พระบรมธาตุจอมกิตติ (อยู่ใกล้กำแพงเมืองเชียงแสน)

 

หลังจากพระเจ้าพังคราชสิ้นพระชนม์แล้ว เจ้าทุกขิตกุมาร ก็เสวยสมบัติสืบต่อมา จากนั้นจะมีใครบ้าง ตำนานไม่ได้กล่าวไว้ คงเพราะไม่มีเหตุการณ์สำคัญให้บันทึก จนมาถึงรัชสมัยของพระเจ้ามหาชัยชนะ พงศาวดารโยนกเล่าว่า ประมาณปี พ.ศ.1088 (มหาศักราช 467) พระเจ้ามหาไชยชนะ เสวยราชย์เมืองโยนกไชยบุรีได้ 1 ปี อยู่มาวันหนึ่ง เป็นวันเสาร์ เดือนเจ็ดแรมเจ็ดค่ำ มีราษฎรพวกหนึ่ง ไปหาปลาที่กุกะนัทธี (น้ำแม่กก) ได้ปลาไหลเผือกตัวหนึ่ง ใหญ่เท่าลำตาล ยาวประมาณ 7 วา ก็พากันทุบตีให้ตาย แล้วนำไปถวายพระเจ้ามหาไชยชนะ พระองค์รับสั่งให้แล่เนื้อแจกกันกินทั่วเมือง

ครั้นค่ำลง แผ่นดินก็ดังสะเทือนเลื่อนลั่น ไหวยวบยาบ พอประมาณ 4 ทุ่มก็ไหวยวบยาบอีก พอถึงตี 4 ก็สะเทือนสะท้าน ไหวยวบยาบเป็นเวลานาน แล้วเมืองโยนกไชยบุรี ก็ทรุดล่มลงไปในแผ่นดิน กลายเป็นหนองใหญ่ขึ้นมาทดแทน บรรดาเจ้านายและราษฎรในเมือง ต่างจมหายไปในปฐพี คงเหลือแต่หญิงม่ายคนหนึ่ง หลงเหลือชีวิตอยู่บนดอนแม่ม่าย ซึ่งไม่ได้ล่มไปด้วย และดอนแม่ม่าย ก็ยังเหลือให้เห็นจนถึงปัจจุบัน

ครั้นรุ่งเช้า ขุนพันนาและชาวบ้าน ที่ตั้งบ้านเรือนอยู่นอกเมือง ก็พากันไปสำรวจที่ ก็พบแต่หญิงม่ายบนดอน เหลืออยู่คนเดียว จึงสอบถามได้ความว่า เวลาพลบค่ำ มีชายหนุ่มคนหนึ่ง มาจากไหนไม่ทราบ มาขอพักอาศัยด้วย เขาได้กลิ่นแกงปลาไหลเผือกจึงถามว่า ชาวเมืองนี้เขาทำอะไรกินหนอกลิ่นช่างหอมนัก

หญิงม่ายตอบว่า เขาได้ปลาไหลเผือกใหญ่มาตัวหนึ่ง จึงแบ่งกันกินทั้งเมือง ชายหนุ่มจึงถามว่า ป้าไม่ได้ส่วนแบ่งกับเขาหรือ หญิงม่ายตอบว่าป้าเป็นคนแก่ เป็นม่าย ลูกหลานก็ไม่มี จึงไม่มีใครเอามาให้กิน ชายหนุ่มจึงว่า ป้าไม่ได้กินก็ดีแล้ว อย่าได้พูดจาไป ข้าจะไปเที่ยวก่อน หากมีเหตุการณ์อะไรเกิดขึ้น ถ้าข้าผู้หลานยังไม่กลับมา อย่าได้ลงจากเรือนไปไหนเป็นอันขาด สั่งแล้วก็ลงจากเรือนไป ครู่ใหญ่ จึงมีเสียงแผ่นดินหวั่นไหวสะเทือนสะท้าน

ขุนพันนาทราบดังนั้น ก็รับเอาหญิงหม้ายไปเลี้ยงไว้ แล้วพวกเขา ก็ประชุมคัดเลือกผู้นำขึ้นมาคนหนึ่ง ชื่อขุนลัง ยกให้เป็นประธานปกครองเมืองใหม่ แล้วช่วยกันสร้างเมืองใหม่ขึ้น ริมฝั่งแม่น้ำโขง ตั้งหลักเมืองใหม่วันอังคาร ขึ้น 7 ค่ำ เดือน 8 ปีเถาะ มหาศักราช 467 พ.ศ.1088 ตั้งชื่อเมืองใหม่ว่า เวียงปรึกษา เวลามีปัญหา ก็เรียกกรรมการมาประชุมปรึกษากัน เป็นดินแดนประชาธิปไตยครั้งแรก ในแผ่นดินนี้ เมื่อขุนลังถึงแก่กรรมแล้ว ก็มีประธานาธิบดีสืบต่อมาอีกหลายชั่วคน ติดต่อกัน 93 ปี ลุถึงสมัยพระเจ้าอนุรุทธะ มหาราช แห่งอาณาจักรพุกาม แผ่อำนาจครอบงำล้านนาและแหลมทอง เวียงปรึกษา ก็อยู่ในอำนาจของพระเจ้าอนุรุทธะด้วย

พระเจ้าอนุรุทธะพระองค์นี้ คือผู้ตั้งจุลศักราช และสังคายนาระบบปี และโหราศาสตร์เสียใหม่ ในปี พ.ศ.1181 ดังนั้น ตำนานในพงศาวดารโยนกนี้ น่าเชื่อถือกว่าตำนานอื่นๆ เพราะมีหลักฐานเกี่ยวกับวันเดือนปี บ่งบอกไว้เป็นที่แน่ชัด หรือจะเป็นนักปราชญ์ ผู้รจนาเรื่อง ทำให้ดูสมเหตุสมผลก็ไม่ทราบแน่ สิ่งที่แน่ ๆ คือราชวงศ์สิงหนวัติ และเมืองโยนกไชยบุรี ได้ถึงกาลอวสานในปีนั้นเอง แต่วงค์สิงหนวัติที่ครองเมืองอื่น ยังไม่สูญสิ้น ที่เมืองชัยนาราย อันตั้งอยู่บนเกาะในแม่น้ำ แถวเมืองเวียงชัย เดี๋ยวนี้ได้สืบเชื้อสายต่อมาอีกหลายปี จนขุนเสือขวัญฟ้า กษัตริย์ไทยใหญ่ มีอำนาจแข็งกล้าขึ้น ได้ยกมาตีเมืองเล็กเมืองน้อยแถว ๆ นี้ เจ้าเมืองจึงอพยพพลเมืองลงใต้ ไปตั้งหลักอยู่ที่เมืองบางยาง สืบทอดราชวงค์สืบมา จนถึงพ่อขุนบางกลางท่าว วีรบุรุษกู้ชาติอีกท่านหนึ่งของชาวไทย

ส่วนทางเมืองชัยปราการ ซึ่งพระเจ้าพรหมกุมารครองอยู่ ก็สืบต่อมาถึงพระโอรส นามพระเจ้าชัยสิริ ก็เผาบ้านทำลายเมือง อพยพผู้คน หนีกองทัพขุนเสือขวัญฟ้าลงใต้เช่นเดียวกัน แล้วมาปักหลักอยู่แถวกำแพงเพชร สืบตระกูลวงศ์ ตั้งอาณาจักรศิริชัยต่อ ๆ กันมา จนถึงพระเจ้าอู่ทอง ปฐมกษัตริย์ ผู้สร้างกรุงศรีอยุธยา เมืองหลวงของคนไทยภาคกลาง ในปี 1893 นี้คือกลุ่มคนไทยสายเมืองหนองแส นักประวัติศาสตร์เรียกกษัตริย์วงศ์นี้ว่า วงศ์หนองแส

นอกจากกษัตริย์วงศ์หนองแสแล้ว ยังอีกตระกูลหนึ่งที่กำเนิดขึ้น ระยะเวลาต่อมา น่าจะเป็นช่วงที่เมืองโยกนกล่ม คือวงศ์เชียงลาว มีปู่เจ้าลาวจกเป็นปฐมกษัตริย์ ตำนานกล่าวไว้ว่า ครั้นต่อมา ได้มีคนไทยอีกพวกหนึ่ง อพยพลงมา สร้างเมืองขึ้นริมฝั่งแม่น้ำสาย (หรือน้ำละว้า) เรียกว่า เมืองชัยวรนครเชียงลาว กว้าง 500 วา ยาวไปตามลำแม่น้ำสาย 1500 วา องค์ประมุขของไทยพวกนี้ คือพระเจ้าลาวจักรเทวราช หรือลวจังกราช หรือปู่เจ้าลาวจก และได้สร้างอารามขึ้นแห่งหนึ่ง คือวัดสังฆาแก้วดอนทัน หรือวัดสังฆาเงินยาง เมืองชัยวรนคร จึงได้ชื่ออีกอย่างหนึ่งว่า เมืองหิรัญนครเงินยาง

พงศาวดารโยนกกล่าวว่า ในครั้งนั้น พระยาธรรมอนุรุทธ ลบศักราช อันพระยาศรีจักขุสร้างไว้ได้ 560 ปีนั้นเสีย แล้วตั้งจุลศักราชขึ้นใหม่ ในปีกัดไก๊ เป็นเอกศก(คือปีกุน) พระเจ้าลาวจักรเทวราช ก็สร้างเมืองไชยวรนครเชียงลาวขึ้น ในปีนั้น (ตรงกับ พ.ศ.1181) หลังจากสร้างเมืองหิรัญนครเงินยางแล้ว ก็ได้สร้างเมืองอีกเมืองหนึ่ง ณ ที่รวมแม่น้ำใหญ่ อันไหลมาจากทิศตะวันตก สร้างยาวไปตามแม่น้ำ มีรูปสัณฐานดังฝักฝาง จึงให้ชื่อว่าเมืองฝาง

เมื่อพระเจ้าลาวจักรเทวราชสิ้นพระชนม์แล้ว ก็มีเจ้าสืบต่อกันมา จนถึงพระยาลาวเคียง พระยาลาวเมือง และพระยาลาวเม็งตามลำดับ พระยาลาวเม็ง ได้อภิเษกสมรสกับพระนางอั้วมิ่งจอมเมือง ราชธิดาของท้าวรุ่งแก่นชาย เจ้าเมืองเชียงรุ้ง มีพระโอรสสืบมาคือพระเจ้าเม็งราย ประสูติเมื่อ พ.ศ.1782 จุลศักราช 601 และครองราชสมบัติปี 1802

หลังจากขึ้นเสวยราชสมบัติได้ 3 ปี ช้างพระที่นั่งของพระองค์ ซึ่งปล่อยไว้ที่ป่าหัวดอยทางทิศตะวันออก ได้หลุดหายไป พระองค์จึงเสด็จตามช้าง จนถึงดอยจอมทอง ริมฝั่งแม่น้ำกก เห็นภูมิประเทศเป็นที่เหมาะสมชัยภูมิดี ก็โปรดให้สร้างพระนครขึ้นที่นั่น โดยก่อกำแพงโอบรอบ เอาดอยจอมทองไว้ตรงกลางเมือง แล้วเรียกว่า “เมืองเชียงราย” แล้วทรงย้ายราชธานี จากเมืองหิรัญนครเงินยาง มาตั้งอยู่ที่เชียงราย

หลังจากนั้น พระองค์ก็รวบรวมพลเมือง ตั้งกองทัพให้เข้มแข็ง แล้วเที่ยวตีหัวเมืองน้อยใหญ่ ที่ไม่ยอมสวามิภักดิ์ เพื่อรวมเอาล้านนาไทย ให้เป็นประเทศเดียวกัน จึงไม่ค่อยได้ประทับอยู่เชียงรายนัก จนปี พ.ศ.1811 พระองค์ประทับอยู่เมืองฝาง ให้ขุนเครื่องโอรสองค์โต ครองเมืองเชียงราย ขุนเครื่อง คบคิดกบถกับขุนไสเรือง ผู้เป็นอำมาตย์ทรงทราบเรื่อง จึงแสร้งทำกลอุบาย ให้คนไปบอกขุนเครื่อง มาเฝ้าที่เมืองฝาง แล้วใช้อ้ายเผียน เอาหน้าไม้ชุบยาพิษ ไปดักยิงเสียกลางทาง จึงเรียกที่แห่งนั้นว่า เวียงยิง แล้วทรงตั้งขุนคราม ให้อยู่ครองเมืองเชียงราย

ต่อมาทรงยึดเมืองหริภุญชัยได้ ในปี 1824 ก็ครองเมืองหริภุญชัยเป็นฐานทัพ ได้ 2 ปี ก็ย้ายไปสร้างเมืองใหม่อยู่ทางทิศอีสาน ของเมืองลำพูน อยู่ได้อีก 3 ปีเห็นว่า สถานที่นั้นเป็นที่ลุ่ม ถึงฤดูฝนน้ำก็ท่วม พวกสัตว์พาหนะก็อยู่ลำบาก จึงย้ายเมือง ไปอยู่ฝั่งแม่น้ำปิง เมื่อปี 1829 เรียกว่าเวียงกุ๋มก๋วม หมายถึงสร้างครอบแม่น้ำ เมืองนี้ อยู่ที่ตำบลท่าวังตาล อำเภอสารภี จังหวัดเชียงใหม่ ประทับอยู่เวียงกุ๋มก๋วม จนถึง พ.ศ.1835 ก็เสด็จล่าสัตว์ ณ เชิงดอยสุเทพ ไปพบทำเลที่เหมาะสม มีเทพนิมิตปรากฏ จึงไปสร้างเมืองใหม่ขึ้นที่นั่น พร้อมพระสหายคือ พระร่วงเจ้า กษัตริย์เมืองสุโขทัย และพ่อขุนงำเมือง กษัตริย์เมืองพะเยา เป็นที่ปรึกษา เมื่อปี 1835 จึงเกิดเมืองเชียงใหม่ขึ้นมา แต่บัดนั้น

ส่วนเมืองเชียงราย ก็กลายเป็นเมืองลูกหลวง มีขุนครามครองเมืองมาตลอด จนลุถึง พ.ศ.1860 พระเจ้าเม็งราย ทรงมีพระชนมายุได้ 79-80 พรรษา พระองค์เสด็จประภาส ที่ตลาดกลางเวียงเชียงใหม่ เกิดอัสนีบาต (ฟ้าผ่า) ตกต้องพระองค์ ทรงสวรรคตใจกลางเมืองนั่นเอง ขุนคราม ไปจัดงานพระศพ เสร็จแล้วจึงนำพระอัฐิของพระเจ้าเม็งราย ประดิษฐานที่เชียงราย (ตรงวัดงำเมืองปัจจุบัน มีเจดีย์บรรจุอัฐิพระเจ้าเม็งรายเป็นพยานอยู่) แล้วขึ้นเสวยราช เป็นกษัตริย์องค์ต่อมา ทรงพระนามว่า พระเจ้าชัยสงคราม แต่พระองค์ไม่ชอบเชียงใหม่ จึงกลับไปอยู่เชียงรายๆ จึงเป็นเมืองหลวงของล้านนาในยุคนั้น ส่วนเชียงใหม่ ก็กลายเป็นเมืองลูกหลวง ประวัติไม่ได้กล่าวว่า ให้ใครครอง ส่วนเจ้าแสนภู โอรสองค์โตของพระเจ้าชัยสงครามนั้น พระเจ้าเม็งราย ได้โปรดให้ไปสร้างเมืองเชียงแสน ตั้งแต่ปี 1830 แล้ว จึงครองเมืองเชียงแสนมาตลอด

ในสมัยต่อมา ก็มีเอ่ยถึงผู้ครองเชียงรายอยู่ประปราย เช่นพระยอดเชียงราย ผู้สร้างวัดตะโปทาราม ตีนดอยสุเทพ ก็อยู่ครองเชียงราย จนสิ้นกษัตริย์เชียงใหม่ เขาจึงไปเชิญมาครองเชียงใหม่ ต่อจากพระเจ้าติโลกราช เจ้ามหาพรหม ผู้เป็นน้องชายของพระเจ้ากือนา อยู่ครองเชียงราย เป็นผู้นำพระพุทธสิหิงค์ มาจากเมืองกำแพงเพชร มาถวายพระเจ้าแสนเมืองมาผู้เป็นหลาน เพื่อขอละหุโทษที่เคยคิดกบฏ จึงเห็นได้ว่าเชียงรายกับเชียงใหม่นี้ เป็นเมืองที่สำคัญพอ ๆ กันในสมัยนั้น เพราะผู้ครองเมืองนั้น ล้วนเป็นผู้ที่สามารถขึ้นครองราชสมบัติ ต่อจากกษัตริ์องค์เดิมทั้งสิ้น บางยุค ถึงกับเป็นเมืองหลวงของล้านนาทีเดียว

เมื่อเชียงใหม่เจริญ เชียงรายก็เจริญเหมือนกัน เมื่อเชียงใหม่เสื่อม เชียงรายก็เสื่อมลงเช่นกัน ราชวงค์เม็งราย ที่ครองเชียงใหม่องค์สุดท้าย คือพระเจ้าเมกุฏิสุทธิวงศ์ ทรงเป็นสายญาติ สืบต่อจากขุนเครือ ซึ่งถูกเนรเทศไปอยู่ทางแคว้นเชียงตุง เมื่อทางเชียงใหม่หาผู้ครองราชย์ไม่ได้ จึงไปเชิญเจ้าเมกุฏิมา ครองเมือง อยู่ได้ไม่นานนัก ก็เสียอิสรภาพแก่พระเจ้าบุเรงนอง กษัตริย์พม่าในปี 2101 และเมื่อพระองค์คิดแข็งเมือง จึงถูกจับไปขังไว้ที่หงสาวดี จนถึงแก่ทิวงคต ทรงเป็นกษัตริย์ราชวงค์เม็งรายองค์สุดท้าย

ต่อแต่นั้น พม่าก็ส่งคนมาครองเชียงใหม่ตลอด ทางเชียงราย กลับไม่ปรากฎว่าใครครอง คาดว่า ถูกลดความสำคัญลงมาก เพราะพม่า ให้ความสำคัญกับเชียงแสนมากกว่า เพราะเป็นเมืองที่มีป้อมคูประตูรบแข็งแกร่ง ใช้ป้องกันข้าศึกได้เป็นอย่างดี กองกำลังและแม่ทัพคนสำคัญของพม่า จึงอยู่ที่เชียงใหม่และเชียงแสน แต่ใช้เชียงใหม่เป็นเมืองหลวง ครอบคุมลานนาทั้งหมด เชียงรายจึงค่อยๆ หมดความหมาย ผู้คนพลเมือง ก็คงตั้งบ้านเรือนอยู่ประปราย และที่ถูกกวาดต้อนไปอยู่ในชุมชนเชียงแสน ก็คงมีมาก ถูกพระเจ้ากาวิละ กวาดต้อนลงใต้ เพื่อถวายพระเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 1 บ้าง ถูกต้อนไปตั้งครอบครัวอยู่เชียงใหม่บ้าง เพราะเชียงใหม่ ก็กลายเป็นเมืองร้างอยู่หลายปี เมื่อพระเจ้ากาวิละ ทรงฟื้นบ้านแปงเมือง จึงต้องหาราษฎรมาอยู่ให้มากที่สุด จนที่สุดเชียงราย ถึงกับเป็นเมืองร้าง ดังจดหมายเหตุเชียงรายว่า

จะกล่าวถึงพงศาวดาร ตำนานหมายเหตุเมืองเชียงราย เริ่มเมื่อตั้งในศักราช 1205 ตัว( พ.ศ.2386) ดังต่อไปนี้

แต่เดิมมา เมืองเชียงรายเปล่าว่าง หายสูญมาเป็นเวลาช้านาน จะกี่สักร้อยปี ก็ไม่สามารถรู้ได้ จนเป็นป่ารกดงทึบ เป็นที่อาศัยอยู่แก่ช้างป่า เสือ หมี แรด สู้ ระมัง กวางฟาน และสัตว์ป่าทั้งหลาย ไม่มีผู้คนจะตั้งบ้านเรือนอยู่ระวังรักษาได้ จนตลอดถึงศักราช 1205 ตัว ปีเหม้า (ปีเถาะ) มีเจ้ามโหตรประเทศ ฯ เจ้าแผ่นดินเชียงใหม่องค์ที่ 5 มีคำสั่งให้เจ้านายบุตรหลาน ขึ้นไปตั้งเมืองอยู่ คือเกณฑ์เอาเจ้าธรรมลังกาเป็นเจ้าเมือง เจ้าอุ่นเรือนเป็นอุปราช เจ้าคำแสนเป็นราชวงศ์ และเจ้าชายสาม เจ้าปูเกี๋ยง เจ้าสิงหราชบุตร พญาท้าวแสน ราษฎรทั้งมวล เกณฑ์เอาคน 4 พวก คือพวกเยงซีตุง พวกพยาก เมืองเลน เมืองสาด ได้ 1000 คนเศษ

ถึงเดือน 5 ขึ้น 1 ค่ำ วันเสาร์ มีพระสงฆ์ 108 องค์ มีเจ้าพิมพิสารเป็นประธาน นิมนต์พระเจ้าเสตังคมณีขึ้นมา ถึงวันอาทิตย์ เดือน 6 ขึ้น 8 ค่ำ พระสงฆ์เจ้า 108 ก็เข้าสังคหะในเวียง ถึงเวลาฤกษ์งามยามดีพระสงฆ์เจ้า ก็นำเจ้านาย เข้าไปตั้งอยู่ในเวียง ส่วนครูบาวรปัญญาอริยะ ก็สถิตอยู่ที่วัดพระสิงห์

ถึงเดือน 8 แรม 13 ค่ำ วันอังคาร พ.ศ.2387 แสนศุภอักษร คุมช้างต่างครัว(บรรทุกครัว) เจ้านายแต่เชียงใหม่ขึ้นมาเชียงราย มีช้างลาวตัวหนึ่งชื่อผู้สดอ ต่างครัวของเจ้าราชวงศ์ มาถึงแม่กอน ควาญช้างลักเอาครัวของคนเชียงใหม่หนี เจ้าของครัวถูกยิงตายเสีย ที่แม่กอน

พ.ศ. 2391 เจ้าหลวงธรรมลังกา เจ้าปูเกี๋ยง ลงไปเฝ้าเจ้ามหาโกฏิ เจ้ากรุงเทพ ฯ (รัชกาลที่ 3) ท่านเลยแต่งตั้งเจ้าปูเกี๋ยงเป็นเจ้าบุรี กลับมาถึงเชียงรายได้ 1 เดือนก็ป่วย เป็นไข้ตาย เดือน 5 แรม 6 ค่ำ ก็เผาศพ มีบุตรชาย 5 หญิง 3 เมีย 2 ในเวลานั้น คนก็ฉิบหายตายหมด เดือน 5 ราชครูเกสระ วัดพนมดี เมืองนครเชียงใหม่ นำพระสงฆ์ 100 องค์ ขึ้นไปสังคหะ และย้ายป่าช้าสุสาน ทางประตูเจ้าชาย ไปไว้ทิศตะวันตก ตามทิศโหรกาลกิณีเมือง จนอยู่สุขสบายไป

พ.ศ. 2395 เดือน 5 เจ้ามหาวงศ์ บุตรเขยเจ้ามโหตรประเทศ เมืองนครเชียงใหม่ ขึ้นไปตรวจเมืองเชียงแสน ไปป่วยเป็นไข้ กลับมาถึงเชียงราย พอถึงเดือน 7 ก็ตาย เดือน 9 เจ้าสังกา ภรรยาเจ้าราชวงศ์คำแสนตาย

พ.ศ.2396 วันศุกร์เดือน 5 ขึ้น 13 ค่ำ พระยายมราช(นุช)คุมกำลังลูกศึกมาแต่กรุงเทพ ฯ ขึ้นมาเพื่อจะไปตีเมืองเชียงตุง มาเกณฑ์เอาเมืองน่าน และเมืองหลวงพระบาง ขึ้นมาพักอยู่ทิศตะวันออกเวียงเชียงราย เจ้าเมืองนครลำปาง เจ้าเมืองนครลำพูน และเจ้าหอหน้าพิมพิสาร เจ้ามหาพรหม เจ้าอินทนนท์ เจ้าเมืองเชียงใหม่ 3 คน คุมกำลังลูกศึกมาพักริมแม่กก เมืองเชียงรายมีเจ้าราชวงศ์ เจ้าชายสาม ก็คุมกำลังลูกศึกเมืองเชียงราย วันอาทิตย์เดือน 7 ขึ้น 12 ค่ำ ก็ยกกำลังโยธาขึ้นไปรบเมืองเชียงตุง ไม่ได้ชัยชนะ ถึงเดือน 9 ก็แตกกระจัดกระจาย หนีลงมาเมืองเชียงรายเลยถึงเชียงใหม่ เลยกลับเมืองของใครของมัน พระเจ้าน้องยาเธอ กรมหลวงวงษาธิราชสนิท ก็เสด็จยกทัพไปตีเมืองเชียงตุง ในปี 2395 แต่เนื่องด้วยมีไพร่พลกำลังน้อยกว่า และขัดสนเสบียงอาหาร ทั้งเข้าฤดูฝน เห็นจะตีเอาเชียงตุงไม่ได้ ก็ยกล่าถอยทัพกลับมา

พ.ศ.2417 วันพฤหัสบดี ขึ้น 12 ค่ำเดือน 6 ทั้งภายในภายนอก (หมายถึงทั้งพระและฆราวาส) พร้อมใจกัน ฝังใจกลางสะดือเมือง(หลักเมือง) และสี่แจ่งเวียง

ในรัชสมัยพระเจ้าสามฝั่งแกน กษัตริย์นครเชียงใหม่รัชกาลที่ 8 ปี พ.ศ.1979 พระสถูปใหญ่ในวัดพระแก้ว ถูกอัสนีบาตฟาดพังลงมา ปรากฏมีพระพุทธรูปลงรักปิดทอง ซ่อนอยู่ในนั้นองค์หนึ่ง ต่อมาเจ้าอาวาสแลเห็นรักและทองบางแห่ง หลุดออก จึงเห็นแก้วสีเขียวแวววาวอยู่ภายใน เมื่อกระเทาะเอารักแลทองออกหมดแล้ว จึงทราบว่า เป็นพระแก้วมรกตทั้งองค์ ผู้คนพลเมือง ต่างก็พากันหลั่งไหลมาสักการะบูชา เมื่อความทราบถึงพระเจ้าสามฝั่งแกน จึงมีรับสั่งให้อัญเชิญพระแก้วมรกต ไปเมืองเชียงใหม่ แต่ช้างซึ่งบรรทุกพระแก้ว พาพระแก้วไปลำปางเสีย หมื่นโลกนคร เจ้าเมืองลำปาง จึงทูลขอพระแก้วไว้ที่ลำปาง จนถึงสมัยพระเจ้าติโลกราชครองเชียงใหม่ จึงอัญเชิญไปไว้ ณ เชียงใหม่ในปี 2022 แต่เรื่องพระแก้ว มาอยู่เชียงรายได้อย่างไรนั้น ไม่เป็นที่ปรากฏในตำรา คาดว่า ได้มาสมัยพระเจ้าเม็งราย ยกไปตีเมืองพุกาม แล้วได้พระแก้วมา คนในสมัยหลัง ซ่อนไว้สักการะในพระเจดีย์ เพื่อป้องกันข้าศึกมาชิงไปอีก เพราะตำนานพระแก้วนี้ ว่าสร้างที่เมืองปาตลีบุตร ประเทศอินเดีย แล้วมาเมืองลังกา ก็คงต่อมายังเมืองพม่าพุกามตามลำดับ หรือจะเป็นเจ้ามหาพรหม นำมาจากกำแพงเพชร พร้อมกับพระพุทธสิหิงค์ กลัวทางเชียงใหม่รู้ จึงซ่อนไว้ในเจดีย์ คงมอบให้แต่พระสิหิงค์ไป แต่เรื่องตำนาน บางที ก็สันนิษฐานเอาของคนในยุคหลัง เพราะเหตุการณ์ ผ่านมาเป็นร้อยเป็นพันปี จะหาของใครถูกต้องแน่นอน ก็เอาแน่ไม่ได้ พระแก้วมรกต สถิตย์อยู่เชียงใหม่ จนถึง พ.ศ. 2091 เมื่อเชียงใหม่ขาดราชวงศ์สืบราชสมบัติ จึงไปขอพระเจ้าไชยเชษฐา ซึ่งเป็นพระราชนัดดา ของพระเมืองเกษเกล้าจากเมืองลานช้าง พระเจ้าไชยเชษฐาอยู่ได้ 2-3 ปี เกิดความยุ่งเหยิงทางลานช้าง จึงลากลับไปสะสางปัญหา แต่เมื่อจะกลับไปนั้น ได้นำเอาพระพุทธรูปสำคัญไปด้วยเช่น พระแก้วมรกต พระเสตังคมณี พระพุทธสิหิงค์ เป็นต้น พระแก้วมรกตจึงไปอยู่ประเทศลาว พระไชยเชษฐา ก็ไม่ได้กลับมาอยู่เชียงใหม่อีก จนถึงรัชกาลที่ 1 ยกทัพไปตีลานช้างแตก จึงอัญเชิญพระแก้วมรกต ไปประดิษฐาน ณ วัดพระแก้ว (วัดพระศรีรัตนศาสดาราม) ในพระบรมมหาราชวัง จนกระทั่งเดี๋ยวนี้

ส่วนพระพุทธสิหิงค์นั้น เจ้านายเชียงใหม่ ไปขอกลับมาแต่แรกแล้ว แต่ก็ถูกอัญเชิญ ไปไว้ที่พระบรมมหาราชวังกรุงเทพ ฯ คราวกองทัพกรุงเทพ ฯ ไปช่วยไล่พม่าออกจากเชียงใหม่ แต่ต้นรัชกาลที่ 1 แล้ว เพราะพระพุทธสิหิงค์นี้ แต่เดิม อยู่ในพระบรมมหาราชวังกรุงศรีอยุธยา แล้วถูกกลอุบายของพระสนมขอไปเมืองกำแพงเพชร เจ้ามหาพรหมไปพบเข้า จึงขอมาอยู่เชียงใหม่ ทางกรุงเทพ ฯ จึงถือว่า เป็นสมบัติเก่าแก่ ที่ควรเอากลับคืน มาภายหลัง คงทำจำลองขึ้น หรือเอาพระเชียงแสนให้แทนเป็นพระสิหิงค์ อัญเชิญมาไว้ที่วัดพระสิงห์เชียงใหม่ ส่วนพระพุทธสิหิงค์ของเชียงราย ซึ่งประดิษฐานอยู่วัดพระสิงห์นั้น เจ้ามหาพรหม ได้จำลองจากองค์จริง ก่อนที่จะมอบองค์จริงให้ทางเชียงใหม่ ผู้รู้กล่าวว่า พระทั้ง 3 องค์นี้ ไม่มีอะไร ที่เหมือนกันเลย